2003年：非典型性肺炎暴露出中國公共衛生體系的薄弱環節，學術界開始反思1997年的醫療衛生體制改革。

　　2005年：國務院發展研究中心報告稱中國醫療衛生體制改革“從總體上講是不成功的”，引起強烈反響。

　　2006年：6月，國務院籌劃啟動新一輪醫改；9月，16個部委組成的醫改協調小組成立；10月，胡錦濤總書記在中共中央政治局第三十五次集體學習時強調建設覆蓋城鄉居民的基本衛生保健制度，強化政府責任。

　　2007年：醫改協調小組委托包括北京大學、世界衛生組織等在內的多家海內外機構提交、討論醫改方案。

　　2008年：溫家寶總理在4月與9月兩次主持召開深化醫藥衛生體制改革工作座談會，向社會征求意見；10月，《關于深化醫藥衛生體制改革的意見(征求意見稿)》面向全社會征求意見，共收到反饋意見3.5萬余條。

　　2009年：1月21日，國務院常務會議通過《關于深化醫藥衛生體制改革的意見》和《2009～2011年深化醫藥衛生體制改革實施方案》，新一輪醫改方案正式出臺。