從4月9日起，嚴家淦和全體治喪大員輪流在國父紀念館為蔣介石守靈。其間，臺灣當局不知出于何種心態，發表《告大陸同胞書》，號召完成蔣介石遺愿，推翻中共政權，同時繼續奉行貫徹蔣介石對大陸同胞的一切“保證”。

　　4月16日是蔣介石的大殮日，8時5分儀式開始。8時8分45秒，蔣介石靈柩的棺蓋放在7尺銅棺之上。之后，由張群、何應欽、陳立夫、薛岳、谷正綱、黃少谷、黃杰、謝東閔等8位中國國民黨中央評議委員、中央常務委員將一面青天白日旗覆蓋在靈柩之上。接著，嚴家淦與“五院”院長、“行政院”副院長徐慶鐘、“總統府資政”王云五、“光復大陸設計委員會”副主任于斌等在靈柩上覆蓋了青天白日滿地紅“國旗”。然后，嚴家淦恭讀祭文。

　　禮畢后，臺灣當局還怕蔣介石不能升“天堂”，又在蔣介石的大殮日，以基督教儀式行之。牧師周聯華為蔣介石主持了追思禮拜與安靈禮。周在證道中引述了蔣介石的所謂“嘉言”：

　　“忍受試練越深，贊美的歌聲越高。屬靈的奧秘祝福即在試練之中。豐盛的生命必須經過在狂風暴雨之中生長的。以信為本的人必定有1000次頂大的試練等在前面。”臺灣《中央日報》社編：《領袖精神萬古常新》。

　　其后，周聯華領導讀經文、詩篇第23篇，讀啟應文。追思禮拜結束，響起圣樂，紀念館外鳴禮炮21響。接著，蔣介石的靈柩在執紼人員的護送下，停放在靈車之上。

　　靈車前身用20萬朵深黃色的菊花裝飾，兩邊各有幾條白紼，車前掛一青天白日“國徽”及鮮花十字架。靈車隊由99輛憲兵隊開道車領前，包括“國旗”車、黨旗車、統帥旗軍、奉行蔣介石遺囑令車、捧勛車、遺像車。車隊后面是宋美齡挽蔣介石的大型黃菊十字架，家屬隨其后。2000多執紼人員緩緩駛向蔣介石靈柩的暫厝地——慈湖。

　　據臺灣報載：在蔣介石靈柩駛往慈湖的路上，當局發動了成千上萬的學生在靈車所經途中跪地“迎靈”。絕大多數行業停止營業，鮮艷的建筑上一律奉命改漆素色，不合喪悼氣氛的廣告，也一律從改。交通路口則搭牌樓，各家要掛挽額，平常失修的馬路和未鋪柏油的路面一律要整修，害得沿路各商家和修路工人日夜趕工，滿肚子的怨言無處申訴。當日，治喪委員會的大員們還想出了“路祭”這個名堂，沿路分配各機構行號另設供桌，同時規定靈車經過時不許迎靈的人們抬頭正視。此外還要求民眾在大典鳴炮之時，在原地悼念3分鐘。

　　下午1時10分，安靈禮在慈湖賓館完成。蔣介石的靈柩停放在正廳中央的靈堂上。靈堂是以漆黑光亮的花崗石建造的，長3��2米，寬1��8米，高1��43米。靈堂上鑲著青天白日徽，靈臺基層四周綴滿白色雛菊。正廳東側是蔣介石原臥室，房內一切布置保持原狀。靠窗子的地方有一張深咖啡色的書桌，桌上有一架蔣介石生前使用的電話，大理石筆筒和一個白色的碗。書桌南側有一架黑白電視機，還有蔣介石的鴨舌帽與眼鏡，并排放在電視機上。北面靠墻地方有一個書架，放著蔣介石生前讀過的各種書籍，墻上掛著一幅宋美齡畫作。在臥室的茶幾上，放著一張蔣介石生前用紅鉛筆寫的一張便條：“能屈能伸”。臺灣當局設計這一情節想要告訴人們什么呢？《蔣總統秘錄》作者古屋奎二對此解釋說：

　　“順應環境，當忍則忍，應屈則屈，以待未來伸展之意。”古屋奎二：《蔣總統秘錄》第14輯。