中新網8月1日電 島內“審計部”審核2005年度“政府”總決算時，發現在“總統府”方面，除了備受矚目的“國務機要費”有問題，也認為“總統府”連年拿第二預備金，整建玉山官邸警衛區營舍及整修會客室、記者室的做法也不妥當，而包括“國務機要費”在內，總計發現了99件違規案件，其中還有5件移送檢調偵辦。
據臺灣東森新聞和“中央社”報道，“總統府”不只“國務機要費”有問題，“審計部”發現2004年“總統府”花了2000多萬(新臺幣，下同)整建玉山官邸警衛區營舍，用的是第二預備金；2005年花了2100多萬整修“總統”會客室及記者室，用的也是第二預備金。這些錢應該編在預算里面，而不是連年動用第二預備金。
另外，經過“審計部”統計，2005年各機關人員財務涉及不法或違規的案件，報請“監察院”處理的有兩件，包括“國務機要費”在內移送檢調偵辦，并報告“監察院”的有5件，包括“國務機要費”在內，報請“監察院”備查的有92件，總計99件。
媒體報道，“總統府”“國務機要費”案，檢調接獲檢舉后，由“高檢署”查黑中心于6月29日完成分案，展開調查，發現其中2000多萬元發票有“作假帳”的嫌疑。對此，“高檢署”指出，查黑中心目前正陸續傳喚相關人士約10多人查證發票來源，但沒有事證指出有2000萬元發票作假帳等情事。此外，“立委”邱毅31日延續爆料稱，“總統府”2003至2005年間有問題的“國務機要費”近億元。
針對“國務機要費”引起的爭議，“總統府”31日表示，為杜絕外界疑義，陳水扁“樂于”親自向檢調單位說明，盡速厘清事實真相。
